Wyjątkowy aktor i reżyser, który wszedł do świata filmu niezapomnianymi rolami dziwaków: zagrał znudzonego fotoreportera w "
Polach śmierci" i niewidomego lokatora Willa, w filmie
Roberta Bentona "
Miejsca w sercu". Udowodnił talent komiczny w niezbyt znaczącym filmie "
Making Mr. Right". Zupełnie inne oblicze zaprezentował w "
Niebezpiecznych związkach" - odtwarzał tam postać Vicomte de Valmont, najwyższego kapłana uwodzenia. W "
Pod osłoną nieba"
Bernardo Bertolucciego zagrał kompozytora podróżującego po powojennej Afryce w poszukiwaniu samorealizacji i ratunku dla swojego małżeństwa. W roku 1993 ponownie ukazał swój geniusz, wcielając się w postać zabójcy w filmie
Wolfganga Petersena "
Na linii ognia", co przyniosło mu drugą nominację do Oscara.
Zamiłowanie Malkovicha do niekomercyjnych projektów uwidoczniło się przy realizacji "
Przypadkowego turysty". Jego dalsze wybory były różne, począwszy od romantycznych komedii, takich jak "
Queens Logic" i "
The Object of Beauty", po filmy akcji, takie jak "
Jennifer 8" (1992). W "
Myszach i ludziach" mistrzowsko zagrał umysłowo upośledzonego.
Niezapomnianą, wstrząsającą kreację stworzył w "
Jądrze ciemności", za co nominowany był do Złotego Globu. W 1999 roku powstał przewrotny obraz "
Być jak John Malkovich", w którym aktor zagrał samego siebie.